Erstmals wird eine Kirche in Birkendorf im Zusammenhang mit einer Schenkung von Ita von Birkendorf an das Kloster Allerheiligen (Schaffhausen) im Jahre 1085 genannt: „Damit die Kilch zu Birkendorf sich nüt zu klagen ab dieser Vergabung, gibt si iren dagegen ein gut zu (Unter-) Mettingen“.
Die weitere Entwicklung der Birkendorfer Kirche hängt eng mit dem ehemaligen Frauenkloster St. Fides in Grafenhausen zusammen. Mit der Aufgabe des Klosters in Grafenhausen (in welchem Jahr?) erlitt das religiöse Leben einen merklichen Rückgang. Die Grafenhausener Kirchenmitglieder wurden vom Birkendorfer Weltpriester betreut, dadurch wurde St. Fides eine Filiale von St. Margareta bis zum Jahre 1610. Ein besonderer Umstand brachte in diesem Jahr eine Änderung.
Das Birkendorfer Pfarrhaus war baufällig geworden und konnte nicht instand gesetzt werden. Der Pfarrer zog mit der Erlaubnis des Bischofs in die bestehenden Klostergebäude in Grafenhausen. Damit war Birkendorf ohne Pfarrer. Viele Gesuche um die Wiedererrichtung der Pfarrei blieben erfolglos, bis im Jahre 1909 in Birkendorf die Pfarrei St. Margareta errichtet werden konnte.
Ein Höhepunkt im Dorf, das 1973 Bundessieger im Wettbewerb „unser Dorf soll schöner werden“ wurde, war die 900 Jahrfeier im Juli 1985 mit zahlreichen kulturellen, musikalischen und kirchlichen Höhepunkten.
Die Pfarrkirche und der Hochaltar
Die jetzige St. Margaretenkirche ist schon älteren Datums. Sie war mit der Zeit baufällig geworden, deshalb wurde im Jahre 1666 der Vorschlag zur Renovierung gemacht. Die Neueinweihung erfolgte im Jahre 1671.
Eine weitere Vergrößerung und Veränderung brachte das Jahr 1931, wobei auch eine Heizungsanlage eingebaut wurde.
Im Innenraum auf der Epistelseite (Südwand) ist ein Gedenkstein eingemauert, der die Namen der Stifter Josef Schropp und Ehefrau trägt.
Wiederum erfolgte im Jahr 1983 eine Renovierung mit neuen Kirchenbänken und Chorgestühl.
Und letztmals wurde die Kirche nach einer weiteren totalen Sanierung im Advent 1998 eingeweiht. Bei der anschließenden Pfarrversammlung wurden die Heiligenfiguren für die Kirche aus einem reichhaltigen Schatz auf dem Kirchenspeicher ausgewählt und wieder aufgestellt. Seitdem beeindruckt jeden Kirchenbesucher vor allem die Harmonie der hellen barocken Pfarrkirche mit ihrer Ausstattung.
Hochaltar und Kirchenschmuck
Der Hochaltar wurde im Verlauf der Jahrhunderte mehrmals umgestaltet. Der Aufbau stammt aus dem Jahr 1694, die Predella (der Sockel des Aufbaus über der Altartisch) ist jüngeren Datums. Den Betrachter beeindruckt das plastisches Kreuz mit den Figuren der Gottesmutter und dem Jünger Johannes, sowie die Statue der Hl. Margareta davor.
Eine Skulptur, “Christus auf der Weltkugel“ aus dem Jahr 1757 steht auf einer Konsole rechts vom Altar. Ein Gegenstück, die Maria Immaculata – unbefleckte Empfängnis ist nicht restauriert und nicht in der Kirche aufgestellt.
Wertvoll und aus der Zeit zwischen 1590 und 1620 sind die Pietà an der Rückwand und ein großes Kreuz an der rechten Wand. Auch der Kreuzweg stammt aus dieser Zeit.
Pfarrhaus
Lange Zeit war Grafenhausen Filiale von Birkendorf. Das änderte sich als der Pfarrer wegen Baufälligkeit des Pfarrhauses nach Grafenhausen übersiedelte (1610).
Als 1805 das Kloster St. Blasien aufgelöst wurde, zu dem auch die Pfarrei in Birkendorf gehört, versuchten die Birkendorfer einen Pfarrer zu bekommen und diesem ein neues Pfarrhaus zu bauen. Erst 1905 war es soweit.
2005 hat die Kirchengemeinde das Pfarrhaus zu einem Haus der Begegnung umgebaut und die alte Schwesternwohnung, die zwischenzeitlich zu Gemeinderäumen geworden waren zu einer Wohnung ausgebaut.
Friedhof
Ursprünglich war der Friedhof um die Kirche herum angelegt, aber 1858 konnte der neue Gottesacker oberhalb des Dorfes Richtung Grafenhausen eingeweiht werden. Er wurde 1900 erweitert.
Lourdesgrotte
Die Lourdesgrotte auf der Südseite der Kirche entstand 1882 nach einer Lourdes-Wallfahrt der Frauen Katarina Kromer und Maria Berger. Auch heute noch wird gerne und oft in oder vor der Kapelle gebetet, vor allem nach den Maiandachten.