Der Gedenktag ist der 20. Juli.
Geschichte der Kirche in Birkendorf
Erstmals wird eine Kirche in Birkendorf im Zusammenhang mit der Schenkung Ita von Birkendorf an das Kloster Allerheiligen in Schaffhausen im Jahre 1085 genannt: „Damit die Kilch zu Birkendorf sich nüt zu klagen ab dieser Vergabung, gibt si iren dagegen ein gut zu Mettingen“.
Die weitere Entwicklung der Kirche hängt eng mit dem ehemaligen Frauenkloster St. Fides in Grafenhausen zusammen. Mit der Aufgabe des Klosters in Grafenhausen erlitt das religiöse Leben einen merklichen Rückgang. Die Grafenhausener Kirchengemeindemitglieder wurden vom Birkendorfer Weltpriester betreut, dadurch wurde Grafenhausen eine Filiale von St. Margareta bis zum Jahre 1610. Ein besonderer Umstand brachte in diesem Jahr eine Änderung. Das Birkendorfer Pfarrhaus war baufällig geworden, und niemand traf Vorkehrungen zur Instandsetzung. Der Pfarrer zog mit der Erlaubnis des Bischofs in die bestehenden Klostergebäude in Grafenhausen und damit war Birkendorf ohne Pfarrer. Viele Gesuche um die Wiedererrichtung der Pfarrei blieben erfolglos, bis im Jahre 1909 in Birkendorf die Pfarrei St. Margareta errichtet werden konnte.
Die Pfarrkirche und der Hochaltar
Die jetzige St. Margaretenkirche ist schon älteren Datums. Sie war mit der Zeit baufällig geworden, deshalb wurde im Jahre 1666 der Vorschlag zur Renovierung gemacht. Die Neueinweihung erfolgte im Jahre 1671. Eine weitere Vergrößerung und Veränderung brachte
das Jahr 1931, wobei auch eine Heizungsanlage mit eingebaut wurde. Im Innenraum auf der Epistelseite (Südwand) ist ein Gedenkstein eingemauert, der die Namen der Stifter Josef Schropp und Ehefrau trägt. Wiederum erfolgte im Jahr 1983 eine Renovierung mit neuen Kirchenbänken und Chorgestühl. Und letztmals wurde die Kirche St. Margareta nach einer weiteren totalen Sanierung im Advent 1998 eingeweiht. Dabei wurden etliche Heiligenfiguren die im Speicher abgestellt waren wieder in der Kirche aufgestellt. Im Jahre 2013 wurde nach einem Brand im Advent der Innenraum der Kirche neu gestrichen, das Inventar und der Boden des Chorraums saniert. Nun beeindruckt wieder jeden Kirchenbesucher vor allem die Harmonie der hellen barocken Pfarrkirche mit ihrer Ausstattung.
Hochaltar und Kirchenschmuck
Der Hochaltar wurde im Verlauf der Jahrhunderte mehrmals umgestaltet. Der jetzige Altaraufbau stammt aus dem Jahr 1694, die Predella (flacher Sockel, der auf dem Altartisch, der Mensa, steht und den eigentlichen Altaraufsatz, das Retabel, trägt) ist jüngeren Datums. Das Reteabel beeindruckt durch das Kreuz und zu dessen Füssen Maria und der Jünger Johannes, sowie die Statue der Hl. Margareta davor. Eine Skulptur, “Christus auf der Weltkugel“ aus dem Jahr 1757 steht auf einer Konsole rechts vom Altar. Ein Gegenstück, die Maria Immaculata (Unbefleckte Empfängnis) ist nicht restauriert und nicht in der Kirche aufgestellt. Wertvoll und aus der Zeit zwischen 1590 und 1620 sind die Pietà an der Rückwand und die Kreuzesdarstellung an der rechten Wand. Auch die 14 Kreuzwegstationen stammen aus dieser Zeit.
Pfarrhaus, Friedhof und Lourdesgrotte
Lange Zeit war Grafenhausen Filiale von Birkendorf. Das änderte sich als der Pfarrer wegen Baufälligkeit des Pfarrhauses nach Grafenhausen übersiedelte (1610). Als 1805 das Kloster St. Blasien aufgelöst wurde, zu dem die Pfarreien der Umgebung gehörten, versuchten die Birkendorfer einen Pfarrer zu bekommen und diesem ein Pfarrhaus zu bauen. Erst 1905 war es soweit.
2005 wurde das Pfarrhaus zu einem Haus der Begegnung für die Gemeinde umgebaut. Die alte Schwesterwohnung ist als Wohnung vermietet. Ursprünglich war der Friedhof um die Kirche herum angelegt, 1858 konnte der neue Gottesacker oberhalb des Dorfes eingeweiht werden; dieser wurde 1900 erweitert.
Die Lourdesgrotte auf der Südseite der Kirche entstand 1882 nach einer Lourdes-Wallfahrt der beiden Frauen Katarina Kromer und Maria Berger. Auch heute noch wird gerne und oft in oder vor der Kapelle gebetet.